時代は地球人類が太陽系進出を果たして、恒星間飛行を目指す大航海時代に入った頃・・・太陽系の全く正反対の位置に、太陽系とそっくりなゾイドゾーンが発見された。惑星ゾイドは地球によく似た大気を持ち、金属鉱脈の露出が多い星だ。そのため、金属イオン濃度の高い海に誕生した生命は、さまざまな進化を経て、爬虫類型、昆虫類型の金属細胞を持つ生物となった。金属生命体『ゾイド』の出現である。また一方では、進化の途中で枝分かれし、独自の発展の末、知的生命体である『ゾイド星人』も誕生した。後にゾイド星人は、共和国側、帝国側に二分され勢力争いが始まった。そして両陣営は、ゾイドを主要武器である戦闘獣へと改造していった。そして今、飛来した地球人の手により、ゾイドは更に改良され戦闘能力も強化されて、注目の『メカ生体・ゾイド』となっていったのである。

ゾイド星の中央大陸におけるヘリック共和国とゼネバス帝国との闘いは一進一退を繰り返していた。だが共和国軍が超巨大ゾイド、ウルトラザウルスを開発したことにより戦局は次第に帝国軍の敗北に向かって行く。帝国領内奥深くへと後退する帝国軍。共和国軍はついにウルトラザウルス部隊を主力とする大部隊を投入、帝国首都を包囲した。共和国軍は多くの損害を出しながらも首都を陥落させた。ゼネバス皇帝とその残党は魔の海域トライアングルダラスを越え、北にある未知なる暗黒大陸へと脱出していった。闘いはやみ１年の歳月が流れた。ある日の夜バレシア湾に見たこともない強力なゾイドが上陸し、一瞬にして共和国守備隊を全滅してしまった。ゼネバスが帰ってきたのだ。しかも、強力な暗黒大陸ゾイド軍団を率いて。ゼネバス帝国とヘリック共和国との闘いは新たな段階に突入していった。

ゾイド大陸に再び激しい戦雲がたなびき始めた。ゾイド中央大陸の戦いに破れ、脱出したゼネバス皇帝が驚異的な師団を引き連れて帰ってきたのだ。帝国軍は中央大陸の北部バレンシア湾へ上陸作戦を敢行、空と海上からの共同作戦は成功を遂げ、北部一帯は再び帝国軍の支配下に落ちた。勢いに乗る帝国軍は国境を突破し、戦火は共和国内森林地帯へと拡大していった。しかし共和国軍の対森林戦用メカ、シールドライガーの投入により、今や森林の戦いは一進一退の膠着状態に陥っていた。ゼネバス皇帝は、密かに開発に着手していた対ウルトラザウルス戦用の大型メカ（開発コードＰ−１Ｑ）を作戦に参加させることを急ぎ、一気に共和国首都奪還を狙っていた。

ゾイド中央大陸の戦いも帝国軍が勢いに乗る逆襲作戦を展開。帝国軍は国境を越え森林地帯へ到達。これに対して共和国軍はシールドライガーを中心とする機動部隊で応戦、しかしこの戦いも帝国軍の優勢に進んでいた。ゾイド歴2042年、ゼネバス皇帝は、この戦いに決着を着け一気に首都奪還を狙うべく、密かに開発に着手していた巨大メカ「デスザウラー」の出撃を命じた。さらに帝国軍はデスピオンを主力とするＺＯＩＤＳ−24メカ（小型特殊部隊）で局地戦を展開、共和国軍の動きを的確に捉え決戦メカデスザウラーの出撃を補足した。この帝国軍最大最強メカの登場によりヘリック共和国首都に危機が迫ろうとしていた。

ゾイド歴2042年、共和国首都はゼネバス皇帝部隊デスザウラー大隊により占領された。特にレドラーは超高速からの高速攻撃でデスザウラーを支援し、その攻撃性能が発揮された。ゾイド歴2043年、デスザウラー大隊のゾイド中央大陸への進撃が始まった。ゼネバス皇帝の目的は２つあった。ヘリックの追撃とゾイド野生地帯（ゾイド生命体生存域）の奪取であった。しかし中央山脈一帯は険しい大ゴルジュ地帯であった。ゼネバス皇帝はレドラースクランブルを指令した。全損共和国軍のレーダーはレドラーをキャッチし、プレラス空隊を発進させた。激しい空中戦であった。レドラー編隊よりホットラインがゼネバス皇帝へ「未確認生命体をレーダーがキャッチ、今までになかった反応を示している」と！

ゾイド歴2043年、デスザウラーの攻撃によりヘリック共和国首都はゼネバス皇帝の手におちた。ヘリック共和国軍はトンネル作戦を敢行し、ウルトラザウルスを主力とする部隊は、いち早くゾイド大陸中央山脈（野生ゾイド生存域）への脱出に成功していた。ゼネバス皇帝は、ヘリック大統領追撃を命じゾイド中央山脈へデスザウラー大隊を進撃させた。ゾイド歴2045年、ゾイド大陸は新しい局面を迎えようとしていた。デスザウラー大隊の進撃は中央山脈により阻まれた。レドラー空偵隊、デスピオン特隊がスクランブル（緊急発進）した。レドラーのレーダーがキャッチし、デスピオン特隊が遭遇したのは共和国軍メガトプロス機甲部隊であった。メガトプロス機甲部隊は、主力のメガトプロス、高速型のバトルローバー、水陸両用のネプチューンで編成されていた。

ゾイド中央大陸の戦いは、デスザウラーの活躍により帝国軍は共和国首都を占領。共和国軍は、大陸中央部の山岳地帯へ脱出を図った。帝国軍の進撃は共和国軍を追って中央山脈へ達していた。だがそこでデスザウラー大隊の動きは止まった。デスピオン特隊に出撃命令が下り前衛隊として山岳地帯へ入って行った。・・・・・しかし共和国軍の守備体制は既に組まれていた。・・・・・メガトプロス機甲部隊によりデスピオン特隊は大打撃を受けデスザウラー進撃のリード作戦は失敗に終わった。・・・・・共和国軍はデスザウラーに向け第一次攻撃作戦をスタートさせた。ゾイド歴2046年、重撃型メカのディバイソンがその使命を受け出撃体制を整えていた。

ゾイド大陸におけるヘリック共和国とゼネバス帝国の戦いは、ゾイド歴2046年帝国軍最強メカ「デスザウラー」の活躍により共和国首都はゼネバスの手中に落ち、共和国軍は奇しくもゾイド大陸中央山脈地帯へ撤退した。そこは野生ゾイド生存域であり共和国軍の秘密工場が残されていた。対デスザウラー用としてディバイソン突撃部隊が編成され共和国軍は第１次攻撃をしかけた。が、その活躍はデスザウラーの前進を阻止するまでが精一杯であった。一方帝国軍は一気に共和国軍の粉砕を狙いゾイドのタイプMK-IIへの改造を施し帝国軍最強の部隊の編成をゼネバス皇帝は命令した。

ゾイド大陸の戦いも帝国軍の最強部隊の登場のによりパワー戦の様相に入っていった。これに対し共和国軍もシールドライガーMK-IIを中心とした強力なMK-II部隊の編成にかかっていた・・・・・。パワーとパワーのぶつかり合いという史上最大の決戦が始まろうとしていた。両国軍による一大総力戦である。

ゾイド歴2046年、ゾイド大陸ではヘリック共和国とゼネバス帝国との間で、パワーによる総力戦が繰り広げられていた。共和国軍MK-II部隊と帝国軍最強部隊の激しいぶつかり合い・・・・・機甲部隊と特殊部隊の白兵戦・局地戦・・・・・両軍とも死力を尽くした戦いであった。局地戦の戦果が後続師団の作戦行動に大きな影響を及ぼしている。帝国軍は、局地戦へ総力を投入させた。ゴリラ型「ゴーレム」を作戦指令コード「Ｇ」により最前線へ送った。ゴーレムの投入により帝国軍は、共和国軍の動き捉え最強部隊の前進を補足した・・・・・。

ゾイド大陸では、ヘリック共和国・ゼネバス帝国、両国の大師団・MK-II部隊の激突により壮絶な戦いが、繰り返されていた。だがパワーを誇る帝国軍デスザウラー大隊の活躍により共和国軍の各部隊は沈黙したままであった。ゾイド歴2047年（ＺＡＣ2047）帝国軍は、共和国秘密基地へと迫った。・・・・・共和国軍は沈黙したままであった。・・・・・大陸に一瞬の静けさが戻っていた・・・・・帝国軍各部隊は決戦に備えていた・・・・・「共和国軍が動き出した」・・・・・共和国軍秘密基地に明かりが灯った。帝国軍は身構えた。・・・・・またゾイド大陸に戦響が轟き渡るのか。

ゾイド歴2051年、ついに帝国首都は陥落した。帝国群残存部隊は共和国軍に終われ、バレンシア湾に結集。降伏か全滅かを迫られたが、突如、正体不明のゾイドの軍団が出現。共和国軍は大打撃を受けた。これこそゼネバス皇帝が待っていた暗黒大陸軍であった。しかし、この戦闘に巻き込まれ、ゼネバスの乗るゾイドは厳寒の海に沈んだ。暗黒軍は、帝国軍のゾイドと兵士と共に暗黒大陸へと戻って行った。暗国軍が去り、中央大陸に平和が戻った。だが翌年、各地で不気味な現象が発生し始めた。暗黒大陸からある力が加えられている事が判明、偵察部隊が発進した。

暗黒大陸とは、中央大陸の北西に位置し、魔の海域トライアングルダラスによって阻まれた未知の大陸である。環境、メカ生体共に中央大陸のものとは異なっている。この暗黒大陸の支配者がガイロス皇帝である。暗黒大陸の強大な帝国が、ガイロスの野望の元に動き始めた。その真の目的とは何なのか！？

ゾイド歴2052年、中央大陸に起きた異常現象によって各地の都市に被害が出始めた。暗黒大陸から送られる謎のエネルギーは益々強まっていった。調査のために発進した共和国偵察部隊は、魔の海域・トライアングルダラスで暗黒軍の奇襲を受け、多くのメカが海に沈められた。やがて暗黒大陸上陸に成功した部隊から緊急連絡が入った。ガイロス皇帝の目的は中央大陸全土を完全に破壊し、大帝国を築くことであり、謎のエネルギーの発生源は大陸の奥深くにあると・・・・・。共和国軍は、中央大陸の崩壊をくい止めるため、未知の暗黒大陸への進軍を決定した。マッドサンダーを主力とする大軍団が編成され進撃を開始した。ついに暗黒大陸での戦いが始まった。

ゾイド歴2053年、マッドサンダーを旗艦とする共和国マッド師団は、ガイロス皇帝の野望を打ち砕くため、暗黒大陸への出撃を開始。大陸の南のブラディゲートへの上陸を決行した。だが、既に魔の海域・トライアングルダラスででの暗黒軍度重なる奇襲攻撃のため、共和国軍の戦力は激減していた。上陸を阻止しようとする暗黒軍の猛攻撃により、共和国軍は多くの兵力を失いつつ、大陸東南部へ上陸した。ガイロスは、共和国軍を一気に壊滅するよう命じた。ダーク・ホーン突撃部隊が編成され、共和国軍追撃が始まった。

共和国軍は、暗黒軍の強大な戦力に苦戦していた。ゾイド歴2053年、暗黒大陸上陸後、海岸地帯で前進を阻まれていた。だが、共和国軍の最新ゾイド、ガンブラスターの前線投入で、戦局は変化を見せ始めた。強力な援軍を得た共和国軍は、暗黒軍に対抗するため、軍団を再編成、軍旗も新たにして、暗黒大陸の奥地へと進軍を開始した。予想外の反撃に対し、暗黒軍は、広大な亀裂地帯で共和国軍を迎え撃った。ついに両軍の激戦が、暗黒大陸内部へと続く峡谷で始まった。、壮絶な戦いが繰り返され、戦線は激化していった。

共和国軍は、暗黒大陸にある広大な亀裂地帯で、暗黒軍と熾烈な局地戦を繰り返していた。峡谷の特殊な地形を利用した暗黒軍の攻撃のため、共和国軍は一進一退を続けた。ゾイド歴2054年、戦局は変わらず、戦いは長引いていた。共和国軍は、峡谷の戦闘に有利な高機動のゾイドを開発し、精鋭部隊を編成。対する暗黒軍も、ガイロス皇帝の命令により戦力の増強を始めた。戦線では、高速・高機動のメカの激しい格闘戦が展開された。

ゾイド歴2054年、共和国軍とガイロス皇帝率いる暗黒軍の激戦が、暗黒大陸で続いていた。広大な亀裂地帯で進軍を阻まれた共和国軍は、陸戦では力がほぼ互角であるため、空からの攻撃力を強化し、暗黒軍の奇襲を退けた。暗黒軍は対空用の戦力を投入したが、共和国軍を止めることができなかった。勢いづいた共和国軍は、陸空の連携作戦によって、暗黒大陸の奥へと進撃して行った。対する暗黒軍は、さらに強力な軍団を編成して迎え撃とうとしていた・・・・・。

ゾイド歴2055年、サラマンダーF2の活躍で、空の戦いに勝利した共和国軍は、暗黒軍の防衛網を突破し、暗黒大陸内部へと進撃した。だが、暗黒軍は、空陸両戦型のギル・ベイダーを主力とする大軍団を編成し、これを迎え撃った。絶大な破壊力を誇るギル・ベイダーの攻撃によって、共和国軍は、大きな打撃を受けた。「このままでは、残存部隊までもやられてしまう。」と判断した共和国軍は、退却を開始した。一方、ガイロス皇帝は、「共和国軍を壊滅せよ！」と暗黒軍団に命じた。共和国軍の運命は・・・・・！？

ゾイド星の暗黒大陸で、ヘリック大統領率いる共和国軍とガイロス皇帝率いる暗黒軍の戦いが続いていた・・・・・ゾイド歴2056年、暗黒軍の超巨大ゾイド、ギル・ベイダーの出現に共和国軍は苦戦していた。ギル・ベイダーは共和国軍のゾイドを次々と倒し、共和国軍の前線基地に迫っていた。一方、密かに新型ゾイドの開発を進めていた共和国軍は、ついにオルディオスを完成させた。暗黒軍の戦線基地への攻撃が始まった。オルディオスに出撃の時が来た。果たして共和国軍の運命は！？

ここ暗黒大陸では、ガイロス皇帝の指令により、共和国軍を完全に破壊すべく暗黒軍最強部隊への発進が命令されていた。時にゾイド歴2056年である。共和国軍オルディオス中隊はゼネバス救出という任務を果たすべく凄まじい進撃を繰り返していた。既に暗黒大陸デビルメイル地帯の暗黒軍を撃破、暗黒首都に到達した。尚も共和国軍はサンダーカノンを特殊部隊へと配備、一気にゼネバス救出作戦を計ろうとしていた。一方、暗黒軍の最強部隊の全貌は今、明らかにされる。

ゾイド歴2056年、共和国軍のゼネバス救出作戦はオルディオス中隊を中心に編成されていた。その部隊は、特殊戦隊（トランスファイター）、新型ゾイドで構成されておりバトルパワーは格段にアップされている。特にトランスファイターゾイドはオルディオス、キングバロン、ゴッドカイザー等と合体フォーメーション作戦を展開、暗黒軍前衛部隊を撃破した。共和国軍は尚も新型ゾイドを配備すべく作戦を企てている。これに対し暗黒軍ガイロス皇帝は首都の軍司令部より一つの作戦を指令した「・・・・・を発進せよ」！

ゾイド星暦2056年、共和国軍と暗黒軍との闘いはその戦場を暗黒大陸に移し、かつてない激しい最終決戦の時を迎えようとしていた。共和国軍は新鋭ゾイドによる大部隊を結成し、総力を挙げての大反撃を開始した。一方、暗黒軍は空にはガン・ギャラド、地上にはデス・キャットを配備して迎え撃った。変形ゾイドのガン・ギャラドは空から陸へと変幻自在の攻撃を行い、デス・キャットは機動力をいかんなく発揮し、素早い速攻で共和国軍ゾイドを次々と撃ち倒して行った。これら暗黒ゾイド達の激しい抵抗の前に苦戦を強いられていた共和国軍だが、ヘリック大統領は一歩も退かぬ覚悟であった。激しい闘いは一進一退の攻防繰り広げながらも共和国軍が最終決戦用のキングゴジュラスを投入したことにより形勢は一気に共和国軍の優勢となった。そして暗黒首都に迫るキングゴジュラスの前に親衛隊の操る暗黒軍最強兵器搭載のデス・キャット部隊が立ちはだかった。この両国の存亡を賭けた大決戦に決着が着こうとしていたその頃、ゾイド星の運命を左右する大異変が起きようとしていた。

遙か宇宙の彼方からゾイド星を含むゾイド太陽系に向け一つの巨大な彗星が大接近して来たのである。彗星はゾイド星の三つの月の一つを破壊し、砕け散った破片はゾイド星を襲った。破片は隕石と化し猛烈な速度でゾイド星の中央大陸の反対側に落下。月の一つを失ったゾイド星は引力バランスを崩し地軸がずれ、落下した隕石は大爆発を起こし数十キロもの大クレーターを造った。その際の衝撃は地殻変動や大津波を引き起こし中央大陸は三つの大陸に引き裂かれ、暗黒大陸の一部は海の中に沈んでいった。共和国軍と暗黒軍の闘いの結末と共に・・・・・。