■礼文〜洞爺
内浦湾最奥部の難所としては礼文華越えが有名ですが、こちらは複線化にあたり並行するトンネルを掘った形であり経路変更は行われていません。その東側の礼文〜洞爺間では線増にあたり大きな経路変更を含めた変更が行われています。

• 礼文〜大岸間
  当初は海岸沿いに線路が通されていましたが、複線化にあたり、礼文浜トンネルを含む内陸側に経路変更され、1975年に複線に切り替えられました。

• 大岸〜豊浦間
  海岸沿いのルートを避け、豊泉川に沿って内陸に迂回するルートとなっていましたが、1968年に新たに掘られた大岸トンネル経由のルートに短絡され、豊泉駅が廃止されました。これにより1.6kmほど距離が短縮されましたが、営業キロの変更はされていません。

• 豊浦〜洞爺間
  礼文〜大岸間と同様に海岸沿いの経路でした。複線化にあたり山側に単線で新線を建設して1968年に切り替え、その後一部旧線を利用する形で新線の海側にもう一本のルートを建設し、1970年に複線化が行われました。

■黄金〜本輪西
当初の経路は青線のルートであり、曲がりくねったルートとなっていました。今ではこのルートは内陸になりますが、崎守〜本輪西間はほぼ海岸沿いを走っており、その海側は後日埋め立てられたものとなります。この区間も黄金〜陣屋町間は1968年、陣屋町〜本輪西間は1978年に複数のトンネルを含む直線ルートに切り替えられ、複線化されました。こちらも約0.9kmの距離短縮がありましたが、営業キロの変更はされませんでした。

■室蘭
室蘭駅の位置は当初は頻繁に変更されましたが、1912年に青線の先の位置に3代目室蘭駅舎が建築され、長らくこの位置に室蘭駅が存在しました。この時、隣の母恋駅との間の実キロは約1.7kmでしたが、営業キロはそれより長い2.2kmに設定されていました。おそらく海沿いに伸びる貨物線の距離も営業キロに組み入れていたものと思われます。
1997年に新駅舎建築・駅移転が行われ、緑色の経路となりました。この際に実キロの減少は約0.6kmでしたが、営業キロは1.1km短く変更され、実キロと営業キロがほぼ同一となりました。

■栗山〜栗丘
この区間は夕張川沿いですが、右岸は丘陵が川に迫っており、狭いところをトンネルを掘って通っていました。この区間を複線化するにあたり、内陸側に新栗山トンネルが掘られ、1969年に複線化されました。
しかし、1990年に豪雨により旧線のトンネルが崩壊した際に、このトンネルを復旧することなく新線のみでの単線での運行に変更されました。

■志文〜岩見沢
この区間は、1961年に岩見沢操車場を経由する貨物線が新たに開通しました。その後1994年になり、岩見沢市の都市計画による踏切解消のため、この貨物線を通る経路が本線になるように経路が切り替えられました。これにより営業キロが1.7km長く変更されました。