■田町〜品川
この区間は日本で初の鉄道として開通した区間で、開通当初は一番西側の青線のルートで海上に築堤を設けて建設されました。その後埋め立てが進み陸地が東側に拡大。本線の東側に貨物ヤードが建設されていきました。
その後、貨物機能が新鶴見に移転し1942年には品川客車区が開設されています。この前後に東海道下り線が現在に近い紫色のルートに移設され、車庫を抱き込む形になったと思われます。
2010年代になり、車庫機能を縮小して再開発を行うこととなり、東海道上り線、京浜東北・山手線が順次東側の緑線のルートに移設され、2020年にはこのルート上に高輪ゲートウェイ駅が新設されています。

■根府川〜真鶴
この区間は洞門型のトンネルを含め、現在線より海沿いのルートを通っていました。トンネルの劣化もあり1972年に内陸を通る現在のルートに変更され、実キロは100m弱長くなりました。

■用宗〜焼津
静岡市と焼津市の間には、日本坂峠や大崩海岸が存在し、海岸まで山が迫っています。当初は最も右側の赤線のルートで石部・磯浜の二つのトンネルを掘ってこの区間を通過していました。 しかし、その名の通りがけ崩れが頻発したり、線形が悪く速度制限がかかっていたりで交通の難所となっていました。
一方、弾丸列車計画により内陸側に日本坂トンネルの建設が開始され、弾丸列車計画が中止になったあとも建設は継続され1944年10月に完成、12月に東海道線がこちらのトンネルを通る経路に変更されました(左側の赤線)。
戦後再度新幹線の建設が決まると、もとの石部・磯浜トンネルを1つに結合し、大崩海岸で地上に出ないルートが改めて建設され、1962年9月から、紫色の現ルートとなっています。

■大垣〜関ヶ原
東海道線は大垣駅の西方で2本の支線が分岐しています。いずれも実際の分岐位置は大垣駅から3kmほど西の南荒尾信号場です。
1本目は南荒尾信号場から北方に向かい美濃赤坂駅に進む支線です。こちらは石灰石輸送のために1918年に開通した支線になります。
もう1本は関ヶ原までの区間の勾配緩和のために下り線用として建設された支線です。元の路線の北方を迂回する形で1944年に開通しました。本線より3kmほど距離が長いですが独自の営業キロは設定されていません。 1944年の支線開通時に本線の下り線は資材供給のために撤去され単線化されましたが、1946年に再度複線に戻っています。

■梅田貨物線
梅田貨物線は吹田貨物ターミナルと西九条の間を大阪駅の北側を通って結ぶ貨物線ですが、吹田には旅客ホームがないため、ここでは新大阪〜西九条間として扱います。福島〜西九条間は大阪環状線の一部の扱いですが、独立した単線の線路を有しています。
当初は梅田貨物駅を経由しており、新大阪〜福島間はJR貨物として4.7kmの営業キロを有していましたが、旅客線としての営業キロは定められておらず、大阪駅経由の4.8kmとして計算されています。ただし、現在では梅田貨物線を通る列車で福島〜天王寺間に停車する列車はなく、新大阪〜天王寺は距離の短い京橋経由で運賃計算を行うため、運賃計算で不利になる状況は発生していません。
2023年には梅田付近の経路が変更され、新たに大阪駅を経由するようになり、距離が70mほど延びましたが、貨物・旅客それぞれの営業キロに変更はないようです。